A ATM está sob a responsabilidade dos órgãos sociais comuns (Direção, Assembleia Geral e Conselho Fiscal), de uma Coordenação de Programa baseada em Portugal, assim como de uma Coordenação Técnica para cada projeto nos países onde atua. Conta ainda com um Conselho Científico com elementos de grande reputação que dão apoio científico para o desenvolvimento dos seus projetos.